As regiões costeiras costumam apresentar maior abundância de microalgas do biodiversidade fitoplanctôn se comparadas à regiões oceânicas. Dentre a variedade de organismos, podem ocorrer algumas espécies capazes de produzir toxinas que se acumulam ao longo da cadeia trófica. As toxinas podem provocar a morte de organismos aquáticos, danos a saúde humana e/ou economia, como nos casos da aquicultura e pesca, por exemplo. O Canal do Linguado tem muitos de seus recursos (pesca e aquicultura) sendo explotados, por isso, o presente trabalho tem como objetivo caracterizar a comunidade fitoplanctônica. desse importante estuário catarinense, classificando os grupos dominantes de fitoplâncton e ainda, documentar as espécies nocivas encontradas nesta região. O trabalho ainda esta em andamento e até o momento, Fforam analisadas a composição fitoplanctônica de quatro amostragens. O resultado preliminar realizadas amostragens quali e quantitativas e o resultado encontrado foi indica que diatomáceas (41%) e dinoflagelados (45%) são os principais grupos dominantes em abundância, sendo 14% referente as de  outros grupos.. Até o momento foram identificadas : 45% de Dinophyceae, 41% de Diatomophyceae e 14% de outros. Entre os grupos houveram 4 espécies potencialmente produtoras de toxinas: Dinophysis cf. Acuminata e(DSP), Dinophysis caudata (toxinas diarréeicas)DSP), Azadinium spp. (azaspirácidos)DSP) e Pseudo-nitzschia spp. (toxinas amnésicasASP). Esses resultados preliminares indicam que, em geral, o Canal do Linguado se assemelhas aos demais ambientes costeiros tanto quanto a dominância dos grupos, quanto a presença de espécies nocivas. A presença de espécies produtoras de toxinas indica a necessidade de atenção a possibilidade de contaminação de frutos do mar e intoxicação de pessoas na região.